Se han desarrollado recientemente algunos marcadores serológicos que pemiten diferenciar entre la colitis ulcerosa y la enfermedad de Crohn, así como para llevar a cabo su estratificación y también como herramientas para comprender su inmunopatología.
Los anticuerpos del Saccharomyces Cerevisiae basados en el polisacárido manano son marcadores serológicos específicos de la enfermedad de Crohn: otros anticuerpos antiglicanos (ACCA – anticuerpos anti-carbohidrato quitobiósido – , ALCA – anticuerpos anti-carbohidrato laminarobiósido- y ASCA – anticuerpos anti-Ig unidos-anticovalentemente al manano- son específicos de la enfermedad de Crohn. El uso combinado de estos marcadores por enzima-inmunoensayo (ELISA) permite distinguir entre la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa con una especificadad del orden del 90% .

